Model 4 analysis
Benjamin Mercier
Last updated on 16 November, 2022
Model 4
Description of the model
This fourth model is a new variation. It still compute the mass-action on the numerator, but attempts to make the flux saturate with the part on the denominator with the part of \(1 + {...}\), where we use handling time and the whole biomass consumption of the predator. \[\begin{align}
F_{ij}^{real} = \frac{F_{ij}^{theoretical}}{1+h_j * \sum_{i=1} ^{i}{F_{j}^{theoretical}}} && F_{ij}^{theoretical} &= \alpha_{j} * B_i * \frac{B_j}{M_j} \\
\end{align}\]
où
- \(\alpha\) est un paramètre spécifique à un prédateur (mais le prédateur peut se retrouver dans plusieurs réseaux différents)
- \(B_i\) est la biomasse de la proie dans un réseau spéficique
- \(B_j\) et \(M_j\) sont la biomasse et la bodymass d’un prédateur spéficique. La biomasse du prédateur est la même dans un réseau, mais peut varier d’un réseau à l,autre, alors que son bodymass sera le même pour chacun des réseaux.
- \(h_j\) est une variable déjà calculée.
Summary table
| mean | se_mean | sd | 2.5% | 25% | 50% | 75% | 97.5% | n_eff | Rhat | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| a_pop | -6.911203 | 0.0133826 | 0.5061080 | -7.819454 | -7.263401 | -6.938589 | -6.594143 | -5.855214 | 1430.234 | 1.002415 |
| a_sd | 3.087135 | 0.0077636 | 0.3215486 | 2.513600 | 2.861570 | 3.066893 | 3.288425 | 3.780314 | 1715.427 | 1.000864 |
| sigma | 1.697259 | 0.0005232 | 0.0421651 | 1.617149 | 1.668551 | 1.696444 | 1.725295 | 1.782023 | 6495.564 | 1.000664 |
Exploring parameters posterior distribution
Respective predator alphas
Respective predator handling times
One-one plot of simulation against data
